Martinez trafił do Bayernu latem 2012 roku z hiszpańskiego Athleticu Bilbao. Klub ze stolicy Bawarii zdecydował się wykupić defensywnego pomocnika za kwotę 40 milionów euro zapisaną w jego kontrakcie, przeprowadzając tym samym najdroższy transfer w historii Bundesligi. Jak się okazuje, mimo niemałych pieniędzy zainwestowanych w pozyskanie piłkarza, Bayern w najbliższym czasie czeka kolejny wydatek.
24-letni Bask, jest wychowankiem hiszpańskiej Osasuny, której w myśl przepisów FIFA należy się zwrot kosztów wyszkolenia zawodnika. Jest to kwota w wysokości 800 tysięcy euro, o którą zarząd Osasuny dopominał się już pod koniec ubiegłego roku. Prezydent Bayernu Monachium, Uli Hoeness powiedział wówczas, że Bayern tych pieniędzy nie zapłaci, gdyż jest to obowiązkiem Athleticu Bilbao, a nie klubu ze stolicy Bawarii. "Bayern nie ma z tym nic wspólnego" - twierdził na łamach Bildu Hoeness
Sprawę inaczej postrzega jednak FIFA, która pozytywnie rozpatrzyła pozew, jaki niedawno złożyły władze Osasuny. Zgodnie z decyzją piłkarskiej federacji, Bayern zobligowany jest przelać odpowiednią kwotę na konto klubu z Pampeluny w ciągu następnych 30 dni. Jak dowiedział się Bild, Bayern taki wyrok zaakceptował.
Mimo presji związanej z wysokimi oczekiwaniami, Javi Martinez świetnie wkomponował się w zespół prowadzony przez Juppa Heynckesa, stając się jego ważnym ogniwem. W sezonie zwieńczonym zdobyciem potrójnej korony, reprezentant Hiszpanii rozegrał 43 spotkania o stawkę, notując przy tym 3 trafienia oraz 4 asysty.
Komentarze